На Атлантиду прибыл новый земной корабль Аполлон и привез с собой достаточно тревожную информацию о том, что репликаторы строят боевые корабли для нападения на Землю. Для предотвращения этого было принято решение ударить по ним первыми. Миссия удалась, и корабли были уничтожены.

Пропавшая связь с Таранцами вынуждает Шеппарда отправиться на их планету. На месте обнаруживается, что Таранцы погибли. Команда Шеппарда оказывается в ловушке.

Атлантийцы нашли подводную станцию по выработке энергии на своей планете. На станции Тейла почувствовав Рейфа, открыла свой разум и Рейф смог завладеть ею. Оказалось, что это королева с потонувшего недалеко крейсера. Королева, включив самоуничтожение своего крейсера, могла бы уничтожить половину планеты. Для того, что бы обезвредить корабль Тейла решилась вновь вступить в контакт с королевой.

На Атлантиде выходной. Каждый хотел провести этот день по-особенному. Элизабет решилась пойти на свидание с молодым ученым Майком Брентоном, Карсон планировал вместе с Родни полететь на рыбалку, а Лорн захотел заняться рисованием.

В ходе очередной экспедиции команда полковника обнаружила космический комплекс, находящийся в астероиде на орбите планеты. Оказалось, что этот комплекс ни что иное, как ковчег для жителей этой планеты и в криокамерах станции около тысячи человек.

Два года МакКей и Шепппард играли в странную, но очень увлекательную игру, в которой нужно было развивать свой народ. Игра была настолько подробной, что можно было создавать внешность каждого конкретного человека, и именно по этому Нола, главу народа, которым командовал МакКей, была похожа на Картер.