На Атлантиду пребывает военный контингент с Земли под командованием полковника Эверетта, который берёт бразды правления в свои руки. Теперь Рейфы - это проблема военных.

Улей Рейфов на пути к Атлантиде. Атлантийцы решают бежать, а город уничтожить. И когда оказалось надежды нет, учёные Атлантиды нашли оборонную точку Древних, которая могла бы им помочь в битве с Рейфами.

Тейле снятся кошмары по ночам, в которых она видит Рейфов в городе. Она начинается вспомнить то время, когда её народ был подвергнут загадочным экспериментам Рейфов.

Пытаясь хоть как-то предупредить Землю о новом враге, экспедиция решает отправить данные, среди которых и личные сообщения своим родным и близким.

Команда ищет МНТ, спрятанный на планете Даган. По легенде на этой планете существовало братство, которое прятало некую вещь, называемую «потентией», которую они получили от Древних. Дорога к ней зашифрована.

Продолжая исследовать город, учёные экспедиции нашли одного из древних находящихся в анабиозе. Но вскоре оказывается, что найденная ими спящая старая женщина ни кто иная как сама Элизабет Вейр. Пробудившись, она решила рассказать историю о том, что первый раз, когда экспедиция прибыла в город древних, был не столь успешным. Но время её жизни на исходе, а рассказать ей нужно так много…