Звездные Врата Атлантида: В 5-ом сезоне команде Атлантиды предстоит выбраться из ловушки, устроенной Рейфами, в которую, угодит и команда прибывшая им на помощь. Жителям Атлантиды, также, предстоит познакомиться и с новым членом экспедиции — капитаном Элисон Портер, новым главой экспедиции — Ричардом Вулси, узнать темную сторону Ронона и встретить новые расы, как дружественные, так и враждебные…

Четвёртый сезон начинается с членами экспедиции, работающими в поте лица чтобы сохранить крохи энергии от разряженного МНТ. Тем временем, их вовсю разыскивает полковник Картер на Аполлоне. Доктор Вейр находится на грани смерти, когда МакКей решает активизировать асуранских нанороботов в её теле, чтобы спасти её жизнь. Затем, он составляет дерзкий план по краже асуранского МНТ с помощью Вейр. Но команде удаётся сбежать лишь чудом, а Вейр оказывается в плену. Картер становится новым командиром Атлантиды, хотя многие члены экспедиции все еще надеются спасти Вейр.

Команде Атлантиды удалось остановить флот Рейфов, не дав ему достигнуть Земли, и потерпев очередное поражение с ретровирусом, команда встречает третий год в галактике Пегас. Всё еще находясь под опасностью нового вторжения Рейфов, они находят еще более страшных врагов расу Асуран. В результате неудачного эксперимента они полностью разрежают свой МНТ и снова остаются без надежных средств связи с Землёй и защитного поля для города.

События этого сезона начались с того момента, где закончился первый сезон. Атлантиде удалось избежать уничтожения города рейфами и заставить их поверить в уничтожение города. Также членам экспедиции удаётся наладить периодическую связь с Землёй благодаря новому линейному крейсеру Земли, Дедалу, и новому МНТ. Шепард получает повышение до подполковника, а бывший беглец Ронон Декс занимает место лейтенанта Форда в команде...

Майор Джон Шеппард создаёт команду «первого контакта» из себя, Родни Маккея, лейтенанта Форда, и лидера Атозианцев — Тэйлы Эммаган. Во время одной из своих первых миссий они «зарабатывают» себе ещё одного врага в лице Дженаев — милитаристской человеческой цивилизации с технологиями на уровне 50 годов. Сезон заканчивается на «неоднозначном финале» когда Атлантис находится под осадой Рейфов.

После гибели Апофиса в начале 5 сезона полувознёсшийся системный лорд гоа'улд Анубис становится главным злодеем и противником тау'ри. Он обладает обширными знаниями древних и их технологий. Пока земляне в течение 6 и 7 сезона строят свой первый межзвёздный корабль, Анубис создаёт армию почти непобедимых кулл-воинов и побеждает многих других системных лордов.
Звездные Врата: Команде SG-1 удаётся найти и использовать оружие древних против репликаторов, тем самым уничтожив их по всей галактике. В конце 8 сезона становится понятно, что за вознесение Анубиса несёт ответственность вознёсшаяся древняя Ома Десала. Чтобы искупить свою ошибку, она вступает в вечную борьбу с Анубисом, не дав ему осуществить его коварные планы по захвату всей галактики. К тому времени репликаторы и большинство системных лордов было уже уничтожены, что дало возможность джаффа стать свободными от гоа'улдов.